工资补差扣钱可能由以下原因造成：
违反规定：
如果员工在工作期间有迟到、早退、旷工等违反公司规定的行为，公司可能会扣除相应的补差工资。
中介问题：
如果工资是通过中介发放，并且遇到不诚实的黑中介，他们可能会找理由克扣或拖欠工资。
工资调整：
机关事业单位在发放待遇时，可能会根据个人的职务、工作年限、绩效等因素进行综合考虑，如果计算出的补差是负数，可能是因为个人具体情况导致待遇调整。
工资补发或扣除：
公司可能会因为补发错扣、漏做、加班、奖励或单位特殊规定临时发放的工资，以及按规定扣除保险、罚款、住房公积金、工会会费等。
社保调整：
如果养老金提高，而医疗保险等保险相应需要补扣更多，公司可能会把之前多扣的部分补回来。
如果遇到工资补差被扣的情况，建议咨询所在公司的人事部门或财务部门了解具体情况
