员工主动辞职时，工资的结算方式主要依据《工资支付暂行规定》第九条，具体如下：
工资结算方式
员工主动辞职后，公司应按照 实际出勤天数和双方事先约定的薪资计算方法来进行薪酬结算。
月工资计算公式为：月工资 = 月平均工资 - 月平均工资 ÷ 应出勤天数 × （应出勤天数 - 实际出勤天数），或者是实际出勤天数 ÷ 应出勤天数 × 月平均工资。
日工资计算公式为：日工资 = 月薪 ÷ 21.75 × 月计薪天数 × （出勤天数占比）。
一次性付清
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时 一次性付清劳动者工资。
经济损失赔偿
如果员工因个人原因给公司造成损失，公司可以根据劳动合同的约定向员工追偿经济损失，但每月扣除的金额不得超过员工当月工资的20%。
若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按照该最低工资标准进行发放。
工资发放时间
一般情况下，员工在离职前一个月提交申请并进行工作交接后才可以离职。
离职本月的工资结算时间通常在离职手续办完后进行，具体时间可能因公司规定而异，但应在离职后十五日内结清工资。
法律依据
《劳动合同法》第二十二条、第二十三条、第二十四条、第二十五条也明确规定了用人单位应及时足额支付劳动报酬，并在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。
综上所述，员工主动辞职时，公司应依据实际出勤天数和约定薪资计算方法进行工资结算，并在解除劳动合同时一次性付清。若员工给公司造成损失，公司可依法追偿，但每月扣除金额不得超过工资的20%，且不得低于当地最低工资标准。
