处理进项发票过多的方法有以下几种：
依照税局要求税负率将多余进项发票留在手中，不认证也不入账，用库存作暂估入库的方式来处理。待到次月再进行认证，冲减暂估入库并且按照发票来入账。每个月都可以此类推，需注意进项发票认证有效期的问题。
对于多余的进项发票，可以采用全部认证抵扣掉的方式来处理。可将上期留抵税额做在增值税纳税申报表里。对于不怎么开发票的情况，凡是公司有销售产品，则销售时可不用开具发票。但是销售时不开具发票，仍然要计提销项税。这样一来，也就减掉了上期留抵税额。销售时不开发票，则可在申报“增值税纳税申报表附列资料（表一）”的时候，单独列示到未开具发票进行填列。
将多余的进项发票认证抵扣掉，可结合库存来处理。比如库存量较小，销售时要开具发票的话，可以将上期留抵税额做在增值税纳税申报表里。对于不怎么开发票的情况，凡是公司有销售产品，则销售时可不用开具发票。但是销售时不开具发票，仍然要提销项税。这样一来，也就减掉了上期留抵税额。
如果进项发票的数量超过了实际交易的数量，可以与供应商协商，请求他们提供正确的发票数量或者等待新的发票。如果与供应商协商无果，或者供应商不愿意协助，可以退回多余的发票。同时，需要确保将多余的发票以适当的方式保存好，以备未来可能的审计或查询。
如果无法退回多余的发票，或者退回发票不现实，可以考虑冲减成本或费用。例如，可以将多余的发票用于抵扣正常的经营成本。如果以上措施都不可行，可以将多余的发票计入待处理财产损益。这是一种会计处理方式，可以在一定程度上减少企业的损失。
进行调账也是一种方法。调账的方法就是把进项发票的金额和税额减去，再加上其他的收入到应结算科目，把相应金额和税额增加上。这样就可以把进项发票过多的问题解决了。更进一步，对于出售产品时不需要提供发票的情况，应当在账务处理上格外小心，以免出现违法情况。只有有发票可以证明出售产品的合法行为，才能有效避免账务风险。
建议根据企业的实际情况选择合适的方法进行处理，并确保所有操作符合相关税法规定，避免潜在的税务风险。
