两次扣12分的处理方式如下：
暂扣驾驶证
驾驶证在一个记分周期内两次扣满12分，会被暂扣驾驶证。
学习和考试
驾驶人需要在十五天内到车管所参加学习并考试科目一（理论考试）和科目三（实际驾驶考试）。
学习时间为七日，之后车辆管理所会在二十日内安排考试。
考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。
交罚款
在车管所查一下违章情况，填写违法确认书后，需要到指定的银行交罚款。
其他要求
机动车驾驶人在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上的，除了上述学习和考试外，还应当接受道路驾驶技能考试。
接受道路驾驶技能考试的，按照本人机动车驾驶证载明的最高准驾车型考试。
总结：
两次扣12分后，驾驶人需要暂扣驾驶证，参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习，并在学习后参加科目一和科目三的考试。考试合格后，记分予以清除，发还驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。拒不参加学习或考试的，驾驶证将被停止使用。
